Nguyễn Duy Hùng là đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam.[1]

Nguyễn Duy Hùng trước năm 1976 từng công tác cơ sở tại tỉnh Hà Giang, một tỉnh miền núi phía Bắc Việt Nam.[1]

Năm 1976, Nguyễn Duy Hùng tốt nghiệp Đại học An ninh nhân dân và được phân công công tác tại Trường Sỹ quan Cảnh sát nhân dân (nay là Học viện Cảnh sát nhân dân) đóng tại huyện Ba Vì, tỉnh Hà Tây.[1]

Sau đó, ông đã đi học nghiên cứu sinh trong bốn năm và đã bảo vệ thành công luận án Phó tiến sĩ.[1] Ông là giáo viên đầu tiên của Trường Sỹ quan Cảnh sát nhân dân có học vị Phó tiến sĩ.[1]

Sau khi có học vị Phó tiến sĩ, ông đảm nhiệm nhiều chức vụ khác nhau như Trưởng khoa Chính trị 2, Trưởng phòng Công tác chính trị và Tổ chức cán bộ, Phó Hiệu trưởng. Từ năm 1992 đến năm 2005 ông là Bí thư Đảng ủy, Giám đốc Học viện Cảnh sát nhân dân.[1]

Ông là người đã vận động cho sự ra đời của Tạp chí Trật tự an toàn xã hội (tiền thân của Tạp chí Cảnh sát nhân dân). Ông cũng là Tổng biên tập của tạp chí này.[1]

Ông được Hội đồng Chức danh Giáo sư Nhà nước Việt Nam phong học hàm giáo sư và Nhà nước Việt Nam tặng danh hiệu nhà giáo nhân dân.[1]

Ông được Thủ tướng Chính phủ Việt Nam phong quân hàm Thiếu tướng Công an nhân dân Việt Nam.[1]

Ngày 21 tháng 8 năm 2007, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng kí quyết định nghỉ hưu đối với Thiếu tướng Nguyễn Duy Hùng từ ngày 01 tháng 12 năm 2007.[2] Chức vụ cuối cùng của ông là Trưởng Cơ quan đại diện Bộ Công an Việt Nam tại Lào.[3]